El Dr. Zapata se graduó de la Escuela de Medicina de la Pontificia Universidad Católica de Chile en 1992, donde también completó su especialidad en Medicina Interna (1995) y Gastroenterología (1997). Desde 1997 y hasta 2017 trabajo como hepatólogo y con fuerte compromiso docente de pre y postgrado (llegando a categoría Profesor Asociado de Medicina) en la Sede Oriente, de la Facultad de Medicina de la Universidad de Chile, Hospital Salvador, Santiago, Chile. En 1999 recibió el premio "Dr. Jaime Chesta" al “Investigador Joven destacado con Proyección”, por la Sociedad Chilena de Gastroenterología y en 2017 el Premio a la “Excelencia en trayectoria Académica e Investigación clínica” otorgado por la misma Sociedad.
En 2000 ganó la beca (AASLD Advanced Hepatology Fellowship Award 2000-2001) realizando un fellowship clínico en Hepatología y Trasplante Hepático en la Universidad del Sur de California (USC) en Los Ángeles bajo la tutoría de los Drs. Jacob Korula, Neil Kaplowitz, Telfer Reynolds y Bruce Runyon. Sus principales áreas de interés incluyen la cirrosis hepática, el trasplante de hígado y el área de las hepatitis viral y autoinmunes.
Durante varios años mantuvo una activa línea de investigación financiada por agencias nacionales (CONICYT, FONIS y coinvestigador en 4 proyectos FONDECYT en áreas de litogénesis biliar junto al Dr. Vicente Valdivieso; y en hepatopatías del embarazo junto al Dr. Humberto Reyes). Desde 1997 además trabaja en Clínica Alemana/Universidad del Desarrollo en la Unidad de Gastroenterología, Hepatología y de Trasplante Hepático, donde llega a categoría Profesor Titular de Medicina en 2016 y Jefe del Servicio de Gastroenterología de Clínica Alemana entre 2013 y 2022. Entre 2008-2010 fue elegido Presidente de la Asociación Chilena de Hepatología (ACCHEP) y entre 2012-2014 elegido Presidente de la Sociedad Chilena de Gastroenterología (SCHGE). En 2015 es distinguido por la American Association for the Study of the Liver (AASLD) como Fellow (FAASLD).
Es autor de 14 capítulos de libros, más de 80 publicaciones en revistas nacionales o internacionales con comité editorial y más de 200 presentaciones ( abstracts) en congresos nacionales e internacionales en áreas de hepatología. Actualmente es el coordinador del grupo de interés en trasplante hepático de la Asociación Latinoamericana para el Estudio del Hígado ( ALEH) y ha sido coordinador y colaborador de Guías Nacionales de Hepatitis virales (B y C) desde 2010 trabajando junto a representantes del Ministerio de Salud y de otros Hospitales del país.